Die Folgen von El Niño reichen weit über extreme Wetterereignisse hinaus. Dürren und Überschwemmungen zerstören Ernten, treiben Lebensmittelpreise in die Höhe und verschärfen den Hunger. Besonders betroffen sind Menschen, die sich schon jetzt kaum ausreichend Nahrung leisten können.
Die Erwärmung des Pazifiks beeinträchtigt zudem Fischbestände und Korallenriffe. Damit sind auch wichtige Nahrungs- und Einkommensquellen bedroht. Überschwemmungen zerstören Häuser und Infrastruktur und begünstigen durch verunreinigtes Wasser die Ausbreitung von Krankheiten. Auch die Entstehung und Stärke tropischer Wirbelstürme können durch El Niño beeinflusst werden.
In Europa sind die Folgen ebenfalls indirekt spürbar.